I - Des différences liées à la génétique
En énumérant nos préférences alimentaires nous nous sommes rendues compte que certaines répulsions pour un aliment revenaient au sein de nos familles. Ces mêmes aliments étaient aussi souvent cités comme aliments détestés dans notre questionnaire. Parmi eux on retrouve par exemple les choux de Bruxelles, les brocolis et les épinards (ainsi que d'autres légumes plutôt amers). Nous nous sommes alors demandées si ces aversions n'étaient pas dues à la génétique.
Tout d'abord, nous avons aligné les séquences des deux allèles.
Puis nous les avons comparées.
Nous remarquons qu'il y a trois changements de nucléotides. Au rang 145, on trouve sur l'allèle PAV un nucléotide cytosine tandis que sur l'allèle AVI on trouve un nucléotide guanine. Au rang 785, il y a un nucléotide cytosine sur l'allèle PAV tandis que sur l'allèle AVI il y a un nucléotide thymine. Et au rang 886, on trouve sur l'allèle PAV un nucléotide guanine et sur l'allèle AVI un nucléotide adénine. Pour tous les autres rangs les deux allèles ont les mêmes nucléotides. L'allèle AVI a donc subi trois mutations par substitution.
A l'aide de l'option "traduction", nous traduisons les séquences du gêne (séquences de nucléotides) en protéine (donc en séquences d'acides aminés) et nous les comparons pour voir si les mutations se sont bien exprimées.
On remarque qu'il y a trois changements d'acides aminés : sur l'allèle AVI, au rang 49 il y a de l'alanine au lieu de la proline, au rang 262 il y a de la valine au lieu de l'alanine et au rang 296, il y a de l'isoleucine au lieu de la valine. Les trois mutations se sont donc exprimées.
Mais la question que nous nous sommes ensuite posée est : comment ces trois mutations modifient la sensibilité au PTC ? Nous avons pour cela étudié la forme des protéines codées par les deux allèles sur le logiciel Rastop et avons comparé leur forme.
Nous avons d'abord représenté les molécules en mode "hélice" et en blanc.
(Ici nous avons représenté les manipulations pour la protéine de l'allèle PAV mais nous avons fait de même pour la protéine de l'allèle AVI)
Puis nous avons mis en évidence l'acide aminé situé au rang 262, donc ici de l'alanine
Nous avons fait la même manipulation pour la protéine de l'allèle AVI, mais cette fois-ci, vu qu'il y a eu une mutation au rang 262, il n'y a pas un alanine mais un valine.
Pour les autres mutations (rang 49 et 296), malheureusement les acides aminés ne correspondaient pas à l'allèle PAV : nous pensons que c'est en fait l'allèle AAI (alanine au rang 49 et 262, isoleucine au rang 296). Nous avons tout de même cherché la molécule de l'allèle PAV sur d'autres sites mais en vain !
AVI à gauche et AAI à droite (jaune = rang 49 / rouge = rang 262 / bleu = rang 296)
Aussi, nous pouvons voir que ces deux molécules n'ont pas exactement la même forme, ce qui explique que le PTC ne puisse pas se fixer sur l'allèle mutant.
L'allèle PAV est considéré comme l'allèle ancestral dans l'espèce humaine. Une personne ayant comme génotype (PAV//PAV) sera très sensible au PTC, (PAV//AVI) sera sensible et (AVI//AVI) sera insensible. Il existe à ce jour trois autres allèles connus (AAV, AAI comme vu plus haut et PVI) mais il en existe sûrement d'autres comme le montre le schéma ci-dessous représentant les mutations possibles sur le gêne TAS2R38. L'acide aminé au rang 49 montre bien qu'une mutation peut changer la forme de la protéine et ainsi la capacité du PTC à se fixer ou non sur les récepteurs. Sur le schéma interactif ci-dessous, se trouve non pas la représentation de l'allèle PAV comme nous le croyions, mais celle de l'allèle AAI (rang 49 = Alanine / rang 262 = Alanine / rang 296 = Isoleucine).
